Au niveau des départements se trouvent dix-huit (18) programmes de Master (5-soir et 13-jour) répartis comme suit :

• Département des Langues et Sciences Humaines comprend (9) :
  • Master en Didactique du Français, Langue Etrangères
  • Master in Teaching English to Speakers of Other Languages (TESOL)
  • Master en Langues Africaines et Enseignement, option : Kirundi
  • Master en Langues Africaines et Enseignement, option : Kiswahili
  • Master en lettres, Option : Enseignement de Kirundi (soir)
  • Master en lettres, Option : Enseignement de Kiswahili (soir)
  • Master en lettres, Option : Enseignement du Français (soir)
  • Master’s degree in Arts : Track : Teaching English (soir)
  • Master en Histoire et Enseignement
• Département des Sciences Appliquées comprend (3) :
  • Master Professionnel en Génie Civil, option: Bâtiment et structure
  • Master Professionnel en Génie Electrique, option: Energie
  • Master Professionnel en Génie Mécanique, option: Fabrication Mécanique
• Département des Sciences Naturelles comprend (6) :
  • Master en Sciences Physiques et Enseignement
  • Master en Sciences Mathématiques et Enseignement
  • Master en Sciences Biologiques et Enseignement
  • Master en Sciences Chimiques et Enseignement
  • Master en Sciences Géographiques et Enseignement
  • Master en Administration et Planification de l’Education (soir)