Du point de vue de l’organisation académique, l’ENS comprend trois Départements qui organisent des enseignements dans le nouveau système BMD. Au sein de ces Départements les enseignements sont organisés par filière/section.
Au niveau du premier cycle (Baccalauréat), on a la structure suivante :
| Département | Section/Filière |
| Département des Langues et Sciences Humaine
-DLSH- |
Section de Français |
| Section d’Anglais | |
| Section d’Histoire | |
| Département des Sciences Appliquées
-DSA- |
Section de Génie Civil |
| Section de Génie Electrique | |
| Section de Génie Informatique | |
| Section de Génie Mécanique | |
| Département des Sciences Naturelles
-DSN- |
Section de Biologie-Chimie |
| Section de Géographie | |
| Section de Mathématique | |
| Section de Physique-Technologie |
Au niveau du deuxième cycle (Mastère), l’ENS organise les programmes de Mastère dans le domaine des Sciences de l’Education et de la Formation pour les branches/options ci-après :
| Département | Branche/Option |
| Département des Langues et Sciences Humaines
-DLSH- |
Mastère en Français |
| Mastère en Anglais | |
| Mastère en Kirundi-Kiswahili | |
| Département des Sciences Appliquées
-DSA- |
Mastère en Génie Civil |
| Mastère en Génie Electrique | |
| Mastère en Génie Mécanique | |
| Département des Sciences Naturelles
-DSN- |
Mastère en Biologie |
| Mastère en Chimie | |
| Mastère en Mathématique | |
| Mastère en Physique |
NB : certains de ces programmes sont organisés conjointement avec l’Institut de Pédagogie Appliquée (IPA) et la Faculté des Lettres et Sciences Humaines (FLESH) de l’Université du Burundi.